Νότια της Βόνης, σε απόσταση 500 μ. περίπου βρίσκεται το ξωκλήσι της Αγίας Μαρίνας, το οποίο θεωρείται θαυματουργό. Παλιότερα μάλιστα, όπως πιστεύεται, ανάβλυζε από το χώρο του ιερού άγιασμα.
Συγκεντρώνει χιλιάδες προσκυνητές από όλα τα μέρη της Κρήτης, την ημέρα του εορτασμού της Αγίας, στις 17 Ιουλίου.
Η περιοχή, στην οποία βρίσκεται η εκκλησία της Αγ. Μαρίνας ήταν ιδιοκτησία του Χοσρέφ Πασά από τη Βόνη και την πούλησε στον Ιωάννη Καπαρουνάκη από το Θραψανό. Ο αγάς δε συμπεριέλαβε στο συμβόλαιο μια ερειπωμένη εκκλησία, που ήταν μέσα στο κτήμα. Ο Καπαρουνάκης την ανοικοδόμησε με τη συνδρομή των κατοίκων Βόνης και Θραψανού το 1901. Μαρμάρινη επιγραφή στην είσοδο του μικρού ναού αναφέρει: «Ο ιερός ούτος ναός ωκοδμήθη ευλάβει εισφορά και φροντίδι του ευσεβούς Ιωάννου Α. Καπαρουνάκη εκ Θραψάνου εν έτει 1901».
Πάνω από τη μικρή εκκλησία κτίστηκε νέος μεγαλοπρεπής ναός, ξενώνες κλπ. Ο ναός αποτελούσε ιερό προσκύνημα και το διοικούσε επταμελής επιτροπή απο τα οποία τρία μέλη ήταν απο το Θραψανό, τρία απο την Βόνη και προεδρεύων ήταν ο εκάστοτε Αρχιεπίσκοπος Κρήτης.Σήμερα αποτελεί αυτόνομη Μονή με ολιγάριθμες μοναχές.
